Согласно ст.122 СК ребенок, который зачат и (или) рожден в браке, происходит от супругов. Происхождение ребенка от супругов определяется на основании Свидетельства о браке и документа учреждения здравоохранения о рождения женой ребенка. Именно поэтому отцом ребенка автоматически был записан Ваш муж (формальный, а не фактический). На данный же момент есть несколько вариантов:

1) Статья 129 СК устанавливает, что лицо, которое считает себя отцом ребенка, рожденного женщиной, которая в момент зачатия или рождения ребенка находилась в браке с другим мужчиной, вправе предъявить к ее мужу, если он записан отцом ребенка, иск о признании своего отцовства. К требованию о признании отцовства применяется исковая давность в один год, которая начинается со дня, когда лицо узнало или могла узнать о своем отцовстве. Вариант хороший, но исковая давность уже прошла. Вы можете подать в суд иск с ходатайством об обновлении сроков исковой давности (иск примут в судопроизводство, если присутствует уважительная причина, из-за которой срок пропущен).

2) Статья 136 СК устанавливает, что мужчина, который записан отцом ребенка в соответствии со статьями 122, 124, 126 и 127 настоящего Кодекса, имеет право оспорить свое отцовство, предъявив иск об исключении записи о нем как отца из актовой записи о рождении ребенка. В случае доказательства отсутствия кровного родства между лицом, которое записано отцом и ребенком суд выносит решение об исключении сведений о лице как отца ребенка из актовой записи о его рождении. Оспаривание отцовства возможно лишь после рождения ребенка и до достижения им совершеннолетия. К требованию мужа об исключении записи о нем как отца из актовой записи о рождении ребенка исковая давность не применяется. Как видите, этот вариант хорош, но необходимо, чтобы в этом процессе активно поучаствовал бывший муж.

3) Статья 138 СК устанавливает, что женщина, родившая ребенка в браке, имеет право оспорить отцовство своего мужа, предъявив иск об исключении записи о нем как отца ребенка из актовой записи о рождении ребенка. Требование матери об исключении записи о ее муже как отца ребенка из актовой записи о рождении ребенка может быть удовлетворена лишь в случае предоставления другим лицом заявления о своем отцовство. К требованию матери о внесении изменений в актовой записи о рождения ребенка устанавливается исковая давность в один год, которая начинается со дня регистрации рождения ребенка. В этом случае срок исковой давности тоже пропущен и надо ходатайствовать о его обновлении или продолжении.

После положительного решения суда, согласно статьи 134 СК, орган государственной регистрации актов гражданского состояния внесет соответствующие изменения в Книгу регистрации рождений и выдает новое Свидетельство о рождении.

Кстати, указанный отказ от ребенкадействителен действительно в течение 3 месяцев. Такой отказ составляется в тех случаях, когда присутствует процедура усыновления. Вам же не надо проходить процедуру усыновления, а необходимо через суд оспорить отцовство.