Если работники не оформлены, то и выплачивать зарплату формально не кому. Если образовалось новое предприятие путем отделения, то имеет место перевод на другое предприятие, которое согласно части 1 статьи 32 КЗоТ допускается только с согласия работника.

Поэтому Вы не можете начислить и выплатить заработную плату с предприятия, где нет «на бумаге» работников. Заработную плату следует выплатить с главного предприятия, где они еще числятся. Если же они были уволены с главного предприятия и не оформлены на выделившемся предприятии, то зарплату некому выплачивать (выход: «конверт»).